GenomeStudio の拡張を F# で書く

Illumina 社のアレイデータを扱うのであれば GenomeStudio を使うことが多いでしょう。この GenomeStudio には C# スクリプト機能があり,高度な解析を行うのに利用できます。しかしドキュメン […]

F# で自然順ソート

chr1, chr2, ..., chr22, chrX, chrY という文字列のリスト[A]があるとき,この順番は自然な並びになっています。しかし普通に文字列としてソートすると, chr1, chr10, chr11 […]

ピーク検出

『R でバイナリを読む』で, R でピーク検出すればベースコールができるという話を書きました。 R には Peaks というパッケージがあり,ピーク検出が容易にできます。これを用いてベースコールを行ってみます。

R でバイナリを読む

昨年『R で2ちゃんねるを読んでみた』という遊びをやりました。詳細は読んでいただければ良いのですが,「Shift_JIS で定義されない文字が含まれているとうまく文字列処理ができないので,バイナリのまま処理した」という旨 […]

コアレセントシミュレーターを実装する (2)

「コアレセントシミュレーターを実装する (1)」では突然変異がない場合の標準中立モデルに基づくコアレセントツリーの作成までを実装しました。普通の集団遺伝学の教科書でもそうであるように,次に考慮されるのは突然変異です。 と […]