『近似ベイズ計算によるベイズ推定』の逐次モンテカルロ法を R で実装してみました。 Sisson et al. (2007) で例示されている 2 つの正規分布 , の混合分布からのサンプリングを行います。
近似ベイズ計算の実装例
02 6月, 2011
プログラミングに関するメモ書きを中心に扱います。
『近似ベイズ計算によるベイズ推定』の逐次モンテカルロ法を R で実装してみました。 Sisson et al. (2007) で例示されている 2 つの正規分布 , の混合分布からのサンプリングを行います。
今まで Mac mini で Windows を動かす際は VMware Fusion を利用していたのですが,メモリ不足気味だったので Boot Camp を導入しました。ただし, VMware Fusion で用いて もっと見る
流行に乗って sleep sort を F# で実装してみました[A]。 追記 [2011-05-21 12:30+0900] このポストでは int しか対応していませんが,『F#でsleep sort』で zecl もっと見る
「コアレセントシミュレーターを実装する (1)」では突然変異がない場合の標準中立モデルに基づくコアレセントツリーの作成までを実装しました。普通の集団遺伝学の教科書でもそうであるように,次に考慮されるのは突然変異です。 と もっと見る
コアレセントシミュレーションを行うアプリケーションで有名なものに ms[A] があります。シミュレーションを行って Tajima's D を計算するような単純なアプローチであれば ms (および同梱されている sampl もっと見る