Visual Studio のウィザードで ClickOnce の発行をすると dependentOS 要素がインストールコンポーネントに依存した値になってしまうので， OS 依存のアプリケーションを作成する場合はマニフェストを別に修正してやらなければなりません。そこで発行されたマニフェストを修正し，再署名してやる必要があります。
マニフェストの署名には SDK の mage というツールを使用します[A]。
ビルド後のイベントに設定したら良いと思うのですが，細かい設定が出来るように作成するのは面倒です。一度雛形を作ってしまえば楽だとは思いますし，発行時のミスも減るので良いと思います。もしかしたら Visual Studio 上で解決できる，何か良い方法があるのかもしれませんが。