On Top Replica というソフトが便利です。任意のウィンドウの任意の領域を小ウィンドウの最前面に表示することができ，しかもそのウィンドウはサイズを変更したり不透明度を変更することができます。

フルスクリーンも指定でき，そのときはマウスやキーボードの操作は透過します。好きな動画を再生するプレイヤーを指定して不透明度 50% 程度でフルスクリーンにすると，他の作業をしながら同時にフルスクリーンで動画を見るといったことができます。

なお On Top Replica は Windows Vista 専用で，使うには Windows Aero を有効化している必要があります。