Unix 文化のアプリケーションはユーザー設定ファイルをホームディレクトリ以下にドットファイル[A] を作成します。 Windows においても Unix 文化のアプリケーションは有用なので，使用したいのですが，ホームフォルダにドットファイルが大量に作成されて散らかっていくさまを見るのは精神衛生上よろしくありません。
Unix 文化のアプリケーションは環境変数 HOME を参照してホームディレクトリの位置を調べるのが一般的です。そこで，環境変数 HOME をホームフォルダ以外の適当なフォルダ (例えば %USERPROFILE%\AppData\PrisonOfDotFiles) に指定してやることで，ドットファイルがそのフォルダ内に作成されるようになります。 Windows 文化ではホームフォルダを指定する環境変数は HOME ではなく USERPROFILE なので，特に名前の衝突による問題は起きないと思います[B]。
ちなみに Mercurial の場合， HOME より USERPROFILE の方が優先度が高く，新規に設定ファイルを作成する際は HOME で指定したフォルダではなくホームフォルダに設定ファイルが作成されます。そのため，設定ファイルを作成してから HOME で指定したフォルダに移動するか，あらかじめ空の設定ファイル (Mercurial.ini) を HOME で指定したフォルダに作成しておくと良いでしょう。