メジャーなバイオ系パッケージに BioPerl, Biopython, BioJava, BioRuby というものがあります。おそらくこの順番で使用人口が高いかと思います（勘ですが）。バイオインフォマティクスの分野では何故か Perl がメジャーな言語です。この間バイオインフォマティクスの講義を受けたときも講師は Perl 使いでした。いまどき一般向けドラマでも Python を使う時代だというのに…。ちなみに Ruby があるのは日本人が Ruby 大好きだからでしょう。開発者も日本人ですね。

私はバイオインフォマティシャンではないので BLAST とか mRNA の翻訳とかできれば十分です。卒業研究では BioJava を少し使いましたが，使いづらさにがっかりしました。たいしたことはやらなかったため，自分で1から作ってもあまり変わらなかった気がします。パッケージ自体がバイオインフォマティクスという広い分野で扱うために作成されたものだからでしょうか。

とはいえ最初からパッケージがあるというのは取っ掛かりとしては嬉しいものです。最近久しぶりに少し触りたいのですが，今私がメインで使っている言語は C# です。 LINQ なんてまさに BLAST の結果取得のためにあるようなものだと思うのですが，残念ながら .NET framework 対象の統合的パッケージが見つかりません。 Bio.NET とかないのでしょうか。もしくは C# から BioPerl だの BioPython だのが簡単に使えれば良いのですが。