Microsoft Biology Foundation でペアワイズアラインメントを行います。
01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 | string fasta = @">first; 『分子進化と分子系統学』 (根井・クマー) p. 52 (1)ATGCGTCGTT>second; 『分子進化と分子系統学』 (根井・クマー) p. 52 (2)ATCCGCGAT";IList<ISequence> sequences = SequenceParsers.Fasta.Parse(new StringReader(fasta));IAlignedSequence alignment = SequenceAligners.NeedlemanWunsch.Align(sequences)[0].AlignedSequences[0];foreach (ISequence s in alignment.Sequences){ Console.WriteLine(s);} |
上の例では Needleman-Wunsch のアルゴリズムを利用していますが， Smith-Waterman のアルゴリズムなども用意されています。