Microsoft Biology Foundation でペアワイズアラインメントを行います。

string fasta = @">first; 『分子進化と分子系統学』 (根井・クマー) p. 52 (1)
ATGCGTCGTT
>second; 『分子進化と分子系統学』 (根井・クマー) p. 52 (2)
ATCCGCGAT";
IList<ISequence> sequences = SequenceParsers.Fasta.Parse(new StringReader(fasta));

IAlignedSequence alignment = SequenceAligners.NeedlemanWunsch.Align(sequences)[0].AlignedSequences[0];
foreach (ISequence s in alignment.Sequences)
{
	Console.WriteLine(s);
}

上の例では Needleman-Wunsch のアルゴリズムを利用していますが， Smith-Waterman のアルゴリズムなども用意されています。