捨てられたブログ

やけに寒いと思ったら天気予報のマークに雪だるまが。これだけ寒いと大学に行きたくなくなります。実際実験に影響が多少なりとも出てきますし。…とは言っても進行厳しいのも事実です。昼に暖かくなってくれればよいのですが。

8:25 AM 追記: 降った。傘，大学においてあるんだっだorz

生活 天気, 実験

キャピラリーの不調のせいか GeneScan が失敗したので再度電気泳動にかけようとしたらホルムアミドの入ったプレートがなくなっていました。まあ PCR 産物はあるだろうと思って冷蔵庫の中を見るとそれもありません。誤って捨ててしまったようです。今日の4時から電気泳動かける予定だったのが急遽 PCR からやり直しというハメに。まあ気づいたのが2時過ぎだったので1時間程も影響は出ないので良かったですが。

科学 実験

メジャーなバイオ系パッケージに BioPerl, Biopython, BioJava, BioRuby というものがあります。おそらくこの順番で使用人口が高いかと思います（勘ですが）。バイオインフォマティクスの分野では何故か Perl がメジャーな言語です。この間バイオインフォマティクスの講義を受けたときも講師は Perl 使いでした。いまどき一般向けドラマでも Python を使う時代だというのに…。ちなみに Ruby があるのは日本人が Ruby 大好きだからでしょう。開発者も日本人ですね。

私はバイオインフォマティシャンではないので BLAST とか mRNA の翻訳とかできれば十分です。卒業研究では BioJava を少し使いましたが，使いづらさにがっかりしました。たいしたことはやらなかったため，自分で1から作ってもあまり変わらなかった気がします。パッケージ自体がバイオインフォマティクスという広い分野で扱うために作成されたものだからでしょうか。

とはいえ最初からパッケージがあるというのは取っ掛かりとしては嬉しいものです。最近久しぶりに少し触りたいのですが，今私がメインで使っている言語は C# です。 LINQ なんてまさに BLAST の結果取得のためにあるようなものだと思うのですが，残念ながら .NET framework 対象の統合的パッケージが見つかりません。 Bio.NET とかないのでしょうか。もしくは C# から BioPerl だの BioPython だのが簡単に使えれば良いのですが。

プログラミング, 科学 実験

バイオ系の実験室なら必ず存在する機械の1つにオートクレーブ（autoclave）があります。水蒸気で高温高圧にして滅菌をするための機械です。オートクレーブで滅菌する際に容器の蓋をアルミホイルで覆います。しかしなぜ覆うのかはよくわかりません。コンタミがおこらないためという話がありますが，チップのケースや試薬瓶の蓋にまでアルミホイルをつける必要があるのかははなはだ疑問です。特にうちの研究室では菌レベルでコンタミが起こってもおそらく問題がないので。アルミホイルは慣習化していますが本当に必要か再考するべきかもしれません。

ところでオートクレーブはすごい圧力鍋と考えて無理はありません。もちろん家庭用とはレベルが違いますが。さて，オートクレーブは圧力鍋で中に入れるものにはアルミホイルを巻く。となればオートクレーブでふかし芋を作った人がいるという都市伝説もあながち嘘ではないかもしれませんね。

生活, 科学 実験

研究で葉から DNA 抽出を行うのですが，結構面倒な作業です。普段は24個体を1セットとして2セットを1単位として行っています。今の私の実力だと大体4時間ちょっとかかるので1日がかりでも100個体が精々です。ちなみに1セット24個体というのはチューブ用の遠心分離機が1回に廻せる限界です。

頑張れば3セットを1単位でできるはずなので，1日で150個体抽出することもできるかもしれませんが，あまり根本的な解決にはなっていません。やはり一番のボトルネックは遠心分離かと思います。1回に24個体しか廻せないし，小刻みに作業が必要なので他の作業との同時進行も難しいのです。

96ウェルプレートでイソ沈できれば大分効率は変わってくると思うのですが，何か良い方法はないものでしょうか。

科学 実験, 遺伝学