Trac のブラウザでディレクトリを ZIP アーカイブしてダウンロードできるものとできないものがあってどういう違いかわからなかったのですが，ちゃんと見たら trac.ini に設定項目がありました。

[browser]
downloadable_paths = ...

ただしここで設定してなくても，生成されるリンク URL を真似してやれば他のディレクトリも ZIP アーカイブはできるようです。ルートを指定してリポジトリまるごとアーカイブのようなことはできないのでしょうか。